Shenmue III inizia il 21 marzo 1987. Ryo Hazuki è arrivato a Guilin, in Cina, in cerca dell'assassino di suo padre, Lan Di. Lì incontra una nuova compagna di viaggio, Shenhua Ling, e viene a conoscenza di una leggenda del suo villaggio che ha predetto il loro cammino insieme. La storia prosegue mentre Ryo e Shenhua partono per un nuovo viaggio che li porterà più lontano nel territorio nemico, più in profondità nel mistero. Parte I: Villaggio di Bailu Shenmue III inizia nel Villaggio di Bailu, a Guilin. Shenhua inizia a sospettare che forse Lan Di e i Chi You Men abbiano rapito suo padre adottivo, Yunshen Yuan, il che spiegherebbe la sua improvvisa scomparsa misteriosa, e quindi intende salvarlo, i suoi motivi si intrecciano con quelli di Ryo. Ryo e Shenhua scoprono che un gruppo di teppisti ha attaccato e saccheggiato diversi scalpellini in cerca dello Specchio della Fenice, lasciando le loro case in disordine. Tra di loro c'è lo scalpellino Guowei Xu. Con l'aiuto dell'esperto di arti marziali JiuSi Sun, Ryo sconfigge il capo dei teppisti, Yanlang. Shenhua interroga Yanlang e apprende che suo padre e Xu si trovano a Niaowu. Ryo e Shenhua vengono anche attaccati dall'ormai familiare Chai, ma Ryo lo mette in fuga.