La storia inizia nell'anno SD 772, quando Fayt, protagonista di Star Ocean, porta la sua famiglia e l'amica d'infanzia Sophia sul pianeta-resort Hyda, gestito dalla Federazione, per una lunga vacanza meritata. La loro vacanza da sogno si trasforma in un incubo quando Hyda viene attaccato da una misteriosa forza militare spaziale. Nel pieno dell'attacco, Fayt viene separato da Sophia e dalla sua famiglia e inizia una ricerca emozionante nell'ignoto per trovare i suoi cari.