Trails from Zero si apre con una scena in cui la Special Support Section (SSS) esplora una rovina antica. Tio Plato scopre che gli elementali superiori sono attivi, il che le ricorda la loggia in cui era stata tenuta una volta nell'ovest di Calvard. Lei la descrive come un percorso verso Gehenna per allontanarsi dall'influenza di Aidios e schierarsi con i demoni compiendo 'rituali'. Il leader Lloyd Bannings motiva la squadra annunciando che riusciranno a infiltrarsi con successo in questa base nemica. Una voce di una ragazza senza corpo sveglia Lloyd di soprassalto. Si ritrova sul treno Transcontinental Railroad da Calvard verso Crossbell, destinazione finale. La coppia di anziani di fronte a lui gli offre una bevanda e, all'arrivo, lo guida verso Central Square. Allo Crossbell Police Department è accolto dalla receptionist Fran Seeker. Sergei Lou, capo della SSS, accoglie Lloyd e lo guida nella sala conferenze più vicina, dove fanno conoscenza gli altri membri Elie MacDowell, Tio Plato e Randy Orlando. Sergei guida la sua sezione al Geofront, consegna loro l'Enigma e nomina Lloyd leader del gruppo. Si presentano a vicenda le loro armi preferite e si dirigono nel labirinto sotterraneo.