The Legend of Nayuta: Boundless Trails è ambientato in due mondi: il mondo natale dei protagonisti e un misterioso mondo chiamato Lost Heaven. La città natale dei protagonisti è Remnant Island, situata al centro del Ciencia Sea, un vasto oceano con innumerevoli isole. Le stelle cadenti continuano a cadere dal cielo da qualche tempo, lasciando gran parte di esse accumulate sull'isola. Dei "Star Fragments" sono stati scoperti in queste aree. Illuminandoli in un certo modo, le persone possono vedere il mondo fantasma di Lost Heaven. La storia segue Nayuta Herschel, un giovane aspirante ricercatore che mira a vedere cosa c'è oltre il mondo conosciuto, che stava tornando a Remnant Island per l'estate, quando lui e la sua amica d'infanzia Cygna Alhazen si ritrovano nel mondo di Lost Heaven, sotto la guida della fata Noi, proveniente dall'altro mondo, e finiscono coinvolti in un piano per fermare un pazzo e il suo braccio destro dal distruggere Lost Heaven e potenzialmente anche il mondo di Nayuta nel processo.