The Legend of Nayuta: Boundless Trails è ambientato in due mondi: il mondo natale dei protagonisti e un misterioso mondo chiamato Lost Heaven. Il mondo natale dei protagonisti è Remnant Island, situata al centro del Ciencia Sea, un vasto oceano con innumerevoli isole. Da diverso tempo cadono continuamente stelle cadenti dal cielo, lasciando gran parte di esse accatastate sull'isola. In queste zone sono stati scoperti dei sassi noti come "Frammenti Stellari". Illuminandoli in un certo modo, le persone possono vedere il mondo fantasma di Lost Heaven. La storia segue Nayuta Herschel, un giovane aspirante ricercatore che mira a vedere cosa c'è oltre il mondo conosciuto, che stava per tornare a Remnant Island per l'estate, quando lui e la sua amica d'infanzia Cygna Alhazen si ritrovano nel mondo di Lost Heaven grazie alla guida della fatina di un altro mondo Noi, mentre si ritrovano coinvolti in un complotto per impedire che un pazzo e il suo braccio destro distruggano Lost Heaven e, nel processo, potenzialmente anche il mondo di Nayuta.