Da qualche parte in Giappone, la Grande Barriera di Hakurei separa Gensokyo dal resto del mondo. Anche se non ha oceano, contiene un mondo sotterraneo chiamato Hell, e un mondo nel cielo sopra chiamato Heaven. Si dice che le cose che sono state dimenticate dal mondo esterno, così come gli esseri viventi estinti, trovino la loro strada verso Gensokyo. In questo mondo di abbondante natura, che non è stato deturpato dall'industrializzazione, gli umani e i yokai vivono insieme... anche se non pacificamente, e le dispute scoppiano sempre. I yokai causano sempre incidenti che scuotono l'intera Gensokyo. Per risolvere questi problemi, hanno implementato "Spell Card Rules," alias "Playing Danmaku," che permette agli umani e ai yokai di combattersi fra loro in modo leale. A causa di queste regole, i yokai causano guai più spesso, e gli umani devono risolvere questi problemi quotidianamente. Questo è un giorno normale a Gensokyo, dove Touhou Genso Rondo: Bullet Ballet si svolge... Ora, combattiamo attraverso gli eventi frenetici e divertenti che costituiscono una vita normale a Gensokyo!