Due anni dopo gli eventi del primo gioco, il cacciatore di tesori Nathan Drake (Nolan North) viene avvicinato da un ex socio Harry Flynn (Steve Valentine) e dalla fidanzata di Flynn, Chloe Frazer (Claudia Black), per aiutarli a rubare una lampada a olio mongola collegata al disgraziato viaggio del 1292 di Marco Polo dalla Cina. Il gruppo pianifica di ingannare il cliente di Flynn e di appropriarsi del tesoro di Marco Polo. A insaputa di Flynn, Chloe e Nate avevano già lavorato insieme in passato, e Chloe intende ricattare Flynn e fuggire con Nate e con qualsiasi tesoro trovino. Nate e Flynn fanno irruzione in un museo a Istanbul e trovano la lampada, che contiene una mappa e una resina infiammabile che rivela che la flotta di Polo fu naufragata al largo di Borneo e trasportava la Pietra Cintamani dalla leggendaria città di Shambhala. Flynn tradisce Nate, lasciandolo arrestato. Tre mesi dopo, Chloe aiuta a liberare Nate insieme al suo amico di lunga data Victor Sullivan (Richard McGonagle). Lei rivela che Flynn sta lavorando per Zoran Lazarević (Graham McTavish), un criminale di guerra serbo che cerca la pietra. In Borneo, Nate e Sully si infiltrano nel campo di Lazarević, con Chloe come talpa. Nate scopre che la pietra non ha mai lasciato Shambhala, e individua un tempio che contiene i corpi dell'equipaggio di Polo, nonché una phurba e una mappa che dettagliano che colui che la trasporta otterrà l'accesso a Shambhala attraverso un tempio in Nepal. Nate e Sully riescono a scappare dopo essere stati accerchiati da Flynn e dai suoi uomini.