Diversi anni prima degli eventi del primo gioco, Nate e Sam cercano il tesoro del pirata Henry Avery, che depredò una fortuna durante la rapina di Gunsway nel 1695. Insieme a Rafe, i fratelli Drake si introducono in una prigione panamense per accedere all'ex cella del primo ufficiale di Avery, dove Nate scopre un idolo cavo di St. Dismas. Quando il custode della prigione che li aveva aiutati esige una quota, Rafe lo uccide impulsivamente, scatenando una fuga frenetica. Nate e Rafe riescono a scappare, ma Sam viene colpito dai guardiani, si presume morto. Quindici anni dopo, seguendo gli eventi del gioco precedente, Nate è in pensione con sua moglie Elena ma sente la mancanza dell'emozione della sua vecchia vita. Viene visitato da Sam, che è sopravvissuto alle sparatorie e ha trascorso il periodo intercorrente in carcere. Spiega di essere scappato insieme al capo della droga Hector Alcazar, che pretende che Sam trovi il tesoro di Avery o venga ucciso. Nate accetta di aiutare Sam, mentendo a Elena di aver accettato un lavoro di recupero in Malesia che in realtà aveva rifiutato. Aiutati da Sully, i Drake rubano un idolo duplicato di St. Dismas da un'asta illegale in Italia, mettendoli in conflitto con Nadine Ross, una mercenaria sudafricana e il suo datore di lavoro, Rafe, che è ancora alla ricerca del tesoro di Avery. Una mappa all'interno dell'idolo conduce i Drake alla cattedrale di St. Dismas nelle Highlands scozzesi. Lì scoprono un tempio nascosto e una mappa che indica King's Bay in Madagascar.