Diversi anni prima degli eventi del primo videogioco, Nate e Sam danno la caccia al tesoro del pirata Henry Avery, che svaligiò una fortuna durante la rapina di Gunsway nel 1695. Insieme a Rafe, i fratelli Drake si infilano in una prigione panamense per accedere all'ex cella del primo ufficiale di Avery, dove Nate scopre un idolo cavo di St. Dismas. Quando il guardiano della prigione che li aveva aiutati pretende una parte, Rafe lo uccide impulsivamente, scatenando una fuga frenetica. Nate e Rafe riescono a fuggire, ma Sam viene ferito dai guardiani, dato per morto. Quindici anni dopo, a seguito degli eventi del gioco precedente, Nate si è ritirato con sua moglie Elena ma sente la mancanza dell'eccitazione della sua vecchia vita. Viene visitato da Sam, che è sopravvissuto alle sparatorie e ha trascorso il periodo successivo in carcere. Egli spiega di essere fuggito con il signore della droga Hector Alcazar, che pretende che Sam trovi il tesoro di Avery o venga ucciso. Nate accetta di aiutare Sam, mentendo a Elena di aver accettato un lavoro di recupero in Malesia che in realtà aveva rifiutato. Aiutati da Sully, i Drakes rubano un idolo duplicato di Dismas da un'asta illegale in Italia, mettendoli in conflitto con Nadine Ross, una mercenaria sudafricana, e il suo datore di lavoro, Rafe, che è ancora alla ricerca del tesoro di Avery. Una mappa all'interno dell'idolo conduce i Drakes alla cattedrale di St. Dismas nelle Highlands scozzesi. Lì scoprono un tempio nascosto e una mappa che indica King's Bay in Madagascar.