Il gioco si svolge su una versione del pianeta Filgaia della serie Wild Arms, un luogo così desolato che persino i suoi mari sono costituiti di sabbia, presumibilmente il risultato di una guerra antica. Quattro Drifters si ritrovano scelti per brandire il potere dei protettori spirituali del pianeta, i Guardians, per fermare una minaccia profetizzata ma sconosciuta al loro mondo. Mentre si avventurano insieme, sono ostacolati da altri team di Drifter, da un trio di scienziati fanatici chiamato Prophets, e dai Demoni della leggenda filgaiana. I quattro avventurieri alla fine fanno scoperte sorprendenti sulla vera storia del loro mondo e sui loro legami personali con esso.