In Yakuza 6, Kazuma Kiryu scoprirà esattamente quanto le persone siano disposte a sacrificarsi per la famiglia, sia per legami di sangue sia per legami affettivi, quando indaga su una serie di eventi oscuri che coinvolgono coloro a cui tiene di più nel cuore. Appena uscito da una condanna di tre anni di carcere, un Kiryu più anziano e segnato dal tempo scopre che la sua figlia adottiva, Haruka, è scomparsa dall'orfanotrofio che gestisce. La pista lo conduce nei vecchi quartieri di Kamurocho, dove scopre che è stata investita da un'auto e ora è in coma. Inoltre, Kiryu scopre che Haruka ha ora un figlio che dovrà prendersi cura di lui. Con il bambino in braccio, Kiryu si dirige verso la cittadina costiera di Onomichi, Hiroshima, per svelare la verità su Haruka, su suo figlio, e su un sinistro segreto che la yakuza di Hiroshima nasconde.