Il gioco è ambientato due anni dopo l'originale, che raccontava di un giovane agente sovietico ATOM incaricato di avventurarsi nelle lande post-apocalittiche dell'URSS, diversi decenni dopo uno scambio nucleare con la NATO. Quell'agente ha scoperto una nuova minaccia che potrebbe distruggere i resti già dispersi dell'umanità. Nel seguito, i giocatori sono inviati in una metropoli in rovina che potrebbe contenere ciò di cui l'umanità ha bisogno per fronteggiare la minaccia rivelata alla fine del gioco originale. Oltre a una nuova storia, Trudograd presenta numerosi miglioramenti, ritocchi e aggiornamenti richiesti dalla comunità sin dal lancio del primo gioco, quasi due anni fa.