Il gioco si svolge negli ultimi mesi del periodo di due anni presentato nell'apertura di Jak II (e le conseguenze di The Precursor Legacy), tra il momento in cui Jak viene catturato dalla Krimzon Guard e il tempo in cui Daxter lo salva finalmente dalla Fortezza della Krimzon Guard. L'introduzione mostra Jak mentre viene catturato, mentre Daxter riesce a scappare. Quasi due anni dopo (senza alcuna fortuna nel salvare Jak), Daxter ha dimenticato tutto sul ritrovare il suo amico. Un vecchio di nome Osmo, che Daxter incontra, assume Daxter come disinfestatore che lavora in varie parti di Haven City e occasionalmente nei dintorni per sterminare i Metal Heads, descritti nel gioco come 'Metal Bugs'. Durante le sue avventure, Daxter incontra una donna misteriosa di nome Taryn, la quale, pur non essendo molto impressionata dall'interesse di Daxter per lei, lo aiuta occasionalmente. Dopo aver completato diverse missioni per Osmo, Daxter vede Jak in un Prison Zoomer e cerca di inseguirlo. Dopo essere stato accerchiato da alcuni Krimzon Guard (che avevano notato l'inseguimento di Daxter), Daxter viene salvato dal figlio di Osmo, Ximon, che lo aiuta in diverse ulteriori missioni, tra cui una al palazzo del Barone Praxis, dove Daxter ruba una mappa della Fortezza. In questa prigione, Jak è tenuto prigioniero. Dopo aver fatto ritorno al negozio di disinfestazione, un compagno aracnide che Daxter aveva acquisito in precedenza viene ucciso da Kaeden, un uomo amaro che apparentemente vuole rubare il negozio di Osmo ma, in realtà, sta lavorando per Kor, il leader dei Metal Heads. Quando Daxter cerca di impedire a Kaeden di fuggire dal negozio, Kaeden all'improvviso fa saltare in aria il negozio con una bomba che aveva piazzato in precedenza. Daxter e Osmo sopravvivono, e Daxter promette di fermare Kaeden, ma solo dopo aver salvato Jak. Daxter si infiltra nella Fortezza e trova Kaeden, che si rivela essere un gigantesco Metal Bug. Daxter riesce a sconfiggere Kaeden, che cerca di avvertirlo che Kor li sta aspettando fuori per loro. Poi usa una piattaforma volante per iniziare a cercare Jak all'interno della Fortezza, portando alla scena iniziale di Jak II. Dopo questo, il gioco salta a un punto successivo nella linea temporale al Naughty Ottsel Bar di Daxter, dove racconta la storia a Jak, Keira, Samos, Tess e Taryn.