Da anni ormai, Shinra Electric Power Company fornisce energia al mondo a spese del flusso vitale, il “fiume” da cui scorre tutta la vita e al quale essa ritorna. Dopo aver assaltato la sede centrale della compagnia e impegnato in una serie di battaglie memorabili, Cloud e i suoi compagni lasciano alle spalle Midgar e si avventurano nel mondo più vasto. Una volta nelle praterie, salgono sui chocobos e si lanciano in un viaggio verso una destinazione sconosciuta. Intanto, Zack—sfinito e ferito dalla sua lotta contro un esercito di soldati—si trascina attraverso i deserti fino a Midgar, con un Cloud avvelenato dal mako sulle spalle. Anche se è riuscito a sfuggire per ora alla morte, la minacciosa fenditura nel cielo gli offre poche ragioni per gioire. Tuttavia non è l'unica minaccia che incombe sul mondo. Il Comitato di Resistenza Shinra, sostenuto dal governo ad interim di Wutai, dichiara guerra all'azienda; figure avvolte in abiti neri portano con sé il cadavere di Jenova, una calamità proveniente da un altro mondo; e le Armi—guardiani feroci e mostruosi del pianeta—si sono recentemente risvegliate. In mezzo a questo caos, Sephiroth ha messo in moto il suo piano, assicurando così che innumerevoli destini si intreccino e nascano di nuovo.