Nel mezzo di una tempesta ecologica, Sky Pirates assalgiano l'Hellcat, costringendo Jak a respingere gli aggressori che si calano sulla loro nave tramite una grande nave pirata, la Phantom Blade. Keira riesce a far cadere un pirata dalla nave, mentre Jak è impegnato in una colluttazione a pugni con l'altro, noto come Captain Phoenix. Jak perde e cerca di trasformarsi in Dark Jak, ma non riesce a farlo a causa dell'instabilità dell'eco, infliggendogli un grande dolore. Phoenix assiste al tentativo di Jak di trasformarsi, affermando che ci sono più persone come Jak e si prepara a sparare per ucciderlo. A quel punto Daxter riesce a mettere in fuga Phoenix sparando contro di lui con la mitragliatrice di coda della Hellcat, ma colpisce anche la propria nave, provocando una perdita di carburante, costringendo Keira ad atterrare di emergenza su Brink Island.