Defiance continua da dove era finito Soul Reaver 2. In Soul Reaver 2, Kain salvò la vita di Raziel estraendo lo Soul Reaver da lui – Raziel era destinato a entrare nella lama e diventare la sua metà spettrale che divora le anime. Questo provoca un paradosso che peggiora il corso del tempo e separa Kain e Raziel. La parte del gioco incentrata su Kain lo vede cercare Moebius the Time Streamer, un mistico viaggiatore nel tempo, per avere risposte su dove sia Raziel, su come abbia cambiato il tempo, e in seguito seguire un indizio che Moebius gli fornisce per esplorare una citadella vampirica. Durante la sua ricerca, Kain trova e completa un talismano rotto di un costrutto vampirico noto come Balance Emblem. Kain scopre murali durante la sua missione, che descrivono una guerra antica tra i primi popoli a occupare Nosgoth, i Vampiri Antichi e gli Hylden. Dopo aver rinchiuso gli Hylden in una dimensione alternativa usando i Pillars of Nosgoth, gli Hylden maledissero gli Antichi con sete di sangue, sterilità e immortalità, trasformandoli nei primi Vampiri. Kain scopre dai murali che era profetizzato che entrambe le razze avrebbero visto emergere un campione – un campione vampiro che brandirebbe lo Soul Reaver, e un campione Hylden che brandisce una spada fiammeggiante. Poiché possiede il Soul Reaver materiale raffigurato, Kain arriva a credere di essere il campione vampiro profetizzato. L’esito della battaglia tra i due campioni resta ambiguo.