Portatili contro smartphone: la rivoluzione portatile delle sorelline che è nata nel corso del tempo… Quel giorno, le quattro CPU partirono in risposta a una richiesta di aiuto dal PC Continent, ben oltre il mare, mentre Nepgear e gli altri candidati a CPU che rimasero indietro visitarono un determinato istituto di ricerca. Lì, furono intrappolati in una capsula e messi in un sonno profondo dalla "Gray CPU", e si risvegliarono in Gamindustri due anni dopo. Ora le persone avevano l'ultimo modello di smartphone, chiamato il "MagiPhone". Divenne un mondo in cui la quota di mercato era dominata dagli smartphone. Viene detto a Nepgear che Planeptune sia caduta nel "Buzzoer Phenomenon", in cui appaiono orde di mostri, e che la sua sorella maggiore Neptune sia scomparsa. Avendo perso sua sorella e una casa in cui tornare, Nepgear cadde nella disperazione. Questa è una storia di distruzione e restaurazione, da parte delle CPU, per le CPU, per aprire la strada da un futuro di disperazione a un futuro di speranza.