Portatili contro smartphone: la rivoluzione portatile delle piccole sorelle che è iniziata nel corso del tempo… Quel giorno, le quattro CPU partirono in risposta a una richiesta d'aiuto proveniente dal PC Continent ben oltre il mare, mentre Nepgear e gli altri candidati CPU che rimasero indietro visitarono una certa struttura di ricerca. Lì, furono intrappolate in una capsula e messe in un sonno profondo dal "Gray CPU", e si svegliarono in Gamindustri due anni dopo. Ora le persone avevano l'ultimo modello di smartphone, chiamato "MagiPhone". È diventato un mondo in cui la quota di mercato era dominata dagli smartphone. Viene detto a Nepgear che Planeptune è caduta nel "Buzzoer Phenomenon", nel quale appaiono orde di mostri, e che sua sorella maggiore Neptune è scomparsa. Avendo perso sua sorella e una casa a cui tornare, Nepgear cadde nella disperazione. Questa è una storia di distruzione e restaurazione, dalle CPU, per le CPU, per aprire la strada da un futuro di disperazione a un futuro di speranza.