Console portatili contro smartphone: la rivoluzione portatile delle sorelle minori che è nata nel corso del tempo… Quel giorno, i quattro CPU partirono in risposta a una richiesta di aiuto dal PC Continent, ben oltre il mare, mentre Nepgear e gli altri candidati a CPU che erano rimasti indietro visitarono un determinato centro di ricerca. Lì furono intrappolati in una capsula e messi in un sonno profondo dal "Gray CPU," e si risvegliarono in Gamindustri due anni dopo. Ora le persone avevano l'ultimo modello di smartphone, chiamato il “MagiPhone.” Divenne un mondo in cui la quota di mercato era dominata dagli smartphone. A Nepgear viene detto che Planeptune sia caduta nel “Buzzoer Phenomenon”, in cui compaiono orde di mostri, e che la sorella maggiore Neptune sia scomparsa. Avendo perso sua sorella e una casa a cui tornare, Nepgear cadde nella disperazione. Questa è una storia di distruzione e ricostruzione, da CPU, per CPU, per spianare la via da un futuro di disperazione a un futuro di speranza.