Durante una vacanza su Pokitaru, Ratchet e Clank incontrano una bambina di nome Luna che sta scrivendo un tema scolastico sugli eroi. Poco dopo l'incontro, Luna viene rapita da misteriosi robot. Clank allora scopre un misterioso artefatto proveniente da una razza antica, i Tecnomiti. Sebbene Ratchet sia inizialmente scettico riguardo la loro esistenza, Clank crede che esistano. Ratchet e Clank partono per salvare Luna e, nel frattempo, incontrano il Capitano Qwark, che sta cercando di trovare i suoi genitori biologici. Ratchet gli permette di usare il computer della sua nave per aiutarlo nella ricerca, per farlo smettere di seguirli. Su Kalidon, Ratchet viene rapito da Luna, che aveva finto il proprio rapimento, e Clank resta in una discarica su Metalis. Tuttavia, Clank si trasforma nella sua forma Ultra-Mech e parte per distruggere le truppe nemiche e salvare Ratchet. Nel frattempo, il DNA di Ratchet è stato prelevato per creare un esercito di cloni. L'Imperatore Otto Destruct, leader dei Tecnomiti, ha riconosciuto il potenziale di Ratchet e spera di usare il suo DNA per creare il soldato definitivo. Scoprendo che Luna è in realtà una marionetta robotica e una nave, i due la rintracciano fino a Dayni Moon, dove Luna rivela il piano di clonazione a Ratchet e Clank e spiega che i Tecnomiti sono amareggiati per non aver mai ricevuto credito dalla popolazione generale per i loro progressi tecnologici. Dopo aver distrutto la marionetta Luna, Clank cerca di ottenere le coordinate della fabbrica dei cloni da essa, ma viene infettato da un virus informatico e va in malfunzionamento, permettendo ai soldati Tecnomiti all'interno della marionetta di entrare in Clank. Ratchet usa il suo raggio di miniaturizzazione per entrare in Clank, incontrando il suo sistema di sicurezza interno, e collaborano per eliminare gli intrusi e riavviare il processore di Clank. Clank rivela che aveva ottenuto le coordinate della fabbrica prima di essere disattivato, e si dirigono verso un pianeta noto come Quodrona. Dopo che Ratchet elimina dozzine di cloni, Otto rivela che ciò che Luna aveva detto era una "storia banale", e il suo vero piano è rubare l'intelligenza di ogni essere nella galassia, usando una macchina speciale che trasferisce l'intelligenza da un essere all'altro. Qwark, convinto da Otto, pensa che Otto sia suo padre e combatte temporaneamente al suo fianco. Ratchet e Clank alla fine sconfiggono Otto. In seguito, apprendono da Skrunch che i veri genitori di Qwark erano stati uccisi da un equipaggiamento difettoso dei Tecnomiti. Qwark prova a usare la macchina di Otto per dare a Otto la propria intelligenza, ma Skrunch interviene e fa sì che Otto ottenga la propria intelligenza invece. Tornati nell'appartamento di Ratchet e Clank, i cloni rimpiccioliti di Ratchet vengono venduti come giocattoli, e i due tengono compagnia al piccolo Qwark mentre guardano una pubblicità della nuova linea di giocattoli.