Due anni dopo aver sconfitto Clockwerk, Sly Cooper si intrufola nel Museo di Storia Naturale al Cairo per rubare i pezzi di Clockwerk e distruggerli per porre fine una volta per tutte alla sua minaccia contro la famiglia di Sly, ma scopre che i pezzi sono già mancanti. L'Ispettore Carmelita Montoya Fox e il suo nuovo partner, l'agente Neyla, affrontano Sly, ma lui scappa prima che Carmelita e Neyla possano arrestarlo. Prima della fuga, Sly sente Neyla suggerire che la prova indichi in realtà che la Klaww Gang abbia rubato i pezzi per proprio uso. La Cooper Gang si dirige a Parigi, dove il primo membro della Klaww Gang, Dimitri, sta usando le penne di coda di Clockwerk come lastre di stampa per creare denaro contraffatto. Sly e la banda chiudono l'operazione e Dimitri viene arrestato dall'Interpol. La banda poi si dirige in India, dove il secondo membro della Klaww Gang, Rajan, espone le ali di Clockwerk a un ballo che sta organizzando. Rajan è anche il capo di un sindacato criminale locale che coltiva e vende la "spice", una pianta illegale originaria della giungla indiana. Presenti al ballo ci sono anche gli altri membri della Klaww Gang e diversi agenti dell'Interpol sotto copertura, tra cui Carmelita e Neyla. La banda ruba le ali di Clockwerk proprio nel mezzo del ballo, mentre Sly, travestito, crea una distrazione ballando con Carmelita. Dopo che la Cooper Gang è fuggita con le ali di Clockwerk, Carmelita rivela la sua copertura e inizia ad arrestare. La Klaww Gang fugge dalla scena, e Rajan si rifugia da qualche parte nel profondo della giungla. La banda lo rintraccia nel suo impianto di coltivazione della spice in un tempio antico abbandonato, dove usa metà del cuore di Clockwerk per iperirrigare i suoi raccolti di spice. Porta l'altra metà del cuore all'estremità di un bastone che porta sempre con sé. La banda ruba entrambe le metà del cuore e mette fuori gioco Rajan, ma Carmelita, Neyla e la Contessa arrivano. Neyla fa accusare Carmelita di aver collaborato con la Cooper Gang nella notte in cui sono state rubate le ali di Clockwerk. Lei tradisce la Cooper Gang e mette Sly, Murray e Carmelita agli arresti.