Cinque anni dopo gli eventi di Batman: Arkham Knight, la direttrice di A.R.G.U.S., Amanda Waller (Debra Wilson), crea una task force nota come Task Force X / Suicide Squad, composta da detenuti di Arkham Asylum Harleen Quinzel / Harley Quinn (Tara Strong), Digger Harkness / Captain Boomerang (Daniel Lapaine), Floyd Lawton / Deadshot (Bumper Robinson) e Nanaue / King Shark (Samoa Joe), per una missione segreta a Metropolis. Solo quando arrivano in città si rendono conto della gravità della situazione: Brainiac (Jason Isaacs) ha invaso la Terra e ha iniziato a lavare il cervello agli abitanti, tra cui i membri della Justice League Clark Kent / Superman, Barry Allen / The Flash (Scott Porter), John Stewart / Green Lantern e Bruce Wayne / Batman (Kevin Conroy). Waller assegna alla Task Force X il compito di uccidere la Justice League per fermare Brainiac prima che prenda il controllo di Metropolis e del mondo.