The Raven (protagonist) riceve una richiesta insolita. Il messaggio criptico dice al giocatore di infiltrarsi in un misterioso complesso sotterraneo chiamato Amber Crown con la promessa di una ricompensa monetaria estremamente lucrativa. Una volta in Amber Crown, il giocatore incontra Sumika Juutilainen, un'evasa dall'enigmatica Doomsday Organization (Wednesday Organization in Japan), il gruppo ombra che opera nel complesso. Sumika diventa la cliente principale e partner del giocatore durante la missione in Amber Crown. Man mano che il giocatore completa ulteriori missioni, nasce una rivalità tra il giocatore e un pilota di Armored Core chiamato Stinger, al servizio della Doomsday Organization. Stinger diventa una presenza sempre più pericolosa man mano che si scopre il mistero di Amber Crown, culminando nella rivelazione di Project Phantasma. Un progetto di sviluppo top secret della Doomsday Organization, Project Phantasma è un sistema d'arma che potrebbe capovolgere l'equilibrio di potere. Sumika e Stinger erano soggetti di prova per il progetto. Stinger, desideroso della forza dell'arma Phantasma, tenta di usarla contro il giocatore. Il continuo successo del giocatore spinge Stinger a fondersi con Phantasma e a sfidare il giocatore in un combattimento finale. Il giocatore sconfigge Stinger e distrugge il progetto Phantasma, portando alla dissoluzione della Doomsday Organization.