Iniziando poco dopo la fine del primo gioco, Altaïr Ibn-La’Ahad viene a conoscenza di un piano degli ultimi Templari per fuggire verso Cipro, e quindi si infiltra in una delle loro fortezze ad Acre per fermarli. Sebbene non vi riesca, riesce a sconfiggere e catturare Maria Thorpe, che cercava di vendicare il suo ex maestro, Robert de Sablé, morto per mano di Altaïr. Riuscendo ad affittare una nave, Altaïr si dirige anche verso Cipro in cerca della Mela dell’Eden, Maria al seguito. Una volta lì, scopre la presenza di Armand Bouchart, che ha succeduto Robert de Sablé come Gran Maestro dell’Ordine Templare. Altaïr apprende anche, e ottiene l’aiuto, di un movimento di resistenza nella città che si oppone alla presenza dei Templari, i quali, dopo aver acquistato l’isola dal Re Riccardo, hanno formato un governo repressivo per controllare la terra e il suo popolo. Scopre anche un “archivio” templare, un tesoro di conoscenze e reperti templari, nascosto da qualche parte sull’isola. Fedele alla via degli Assassini, Altaïr si propone sia di localizzare l’archivio sia di liberare Cipro dall’oppressione di Bouchart, inizialmente eliminando i suoi luogotenenti: Frederick “il Rosso”; Moloch “il Toro”; Shalim e Shahar “i Gemelli”, e l’Oracolo Oscuro “la Strega”, arrivando infine ad affrontare e sconfiggere Bouchart nell’archivio, i cui contenuti sono stati evacuati e spostati dai soldati templari. Dopo la morte di Bouchart, l’archivio inizia a crollare, ma Altaïr riesce a fuggire. Il gioco descrive anche la relazione tra Altaïr e Maria. All’inizio, Maria è ostile e sarcastica nei confronti di Altaïr (“l’uomo che mi ha risparmiato il collo ma rovinato la mia vita”), ma man mano che la storia si sviluppa, si avvicina progressivamente all’assassino che, nonostante i suoi ripetuti tentativi di fuga, la salva ripetutamente dai pericoli e non la punisce. Alla fine decide di aiutarlo uccidendo una talpa templare all’interno della resistenza quando quest’ultimo tenta di uccidere Altaïr e affrontando Bouchart al suo fianco nell’ultima battaglia, avendo a quel punto sviluppato sentimenti per l’assassino. Dopo la loro fuga dall’archivio templare, i due decidono di dirigersi verso est, verso l’India.