In un mondo in cui angeli, demoni e l'umanità sono impegnati in una battaglia, Black Matrix 00 si concentra su un giovane che sta cercando il suo amico d'infanzia rapito. Black Matrix 00 inizia con un uomo muto che viene adottato da una donna che lo cura e lo riporta in salute da una terribile esperienza. Questo si distingue da un romanzo Harlequin in diversi modi. C'è la questione dell'uomo con ali bianche e della donna con ali nere: in questo mondo le persone con le ali nere sono dominanti. Le persone con le ali nere tributano a Satana molto più che una banale dichiarazione di fedeltà. Come ci si aspetta in un mondo in cui Satana è onnipresente, l'amore è una brutta cosa e una volta che la donna ammette di provare sentimenti per l'uomo, vengono forzatamente separati e l'uomo si riunisce con alleati in prigione. Poi una serie di allusioni bibliche vengono inserite nel corso di una battaglia contro le forze oppressive di Satana (anche se riconoscerle dal testo giapponese potrebbe richiedere un certo impegno).