Chocobo Racing prende in prestito temi ed elementi da Final Fantasy I a VIII. La Modalità Storia è narrata da Cid e comprende nove capitoli in stile libro pop-up con FMV. Per progredire, il giocatore deve sconfiggere l'avversario rispettivo del capitolo. Prima dell'inizio di ogni capitolo, al giocatore viene data l'opzione di visualizzare la storia o saltare direttamente alla corsa, salvo quando si gioca per la prima volta la Modalità Storia. Personaggi Il cast di Chocobo Racing è tratto da creature e personaggi ricorrenti presenti in Chocobo's Dungeon e nella serie Final Fantasy. Otto personaggi -- Chocobo, Mog, Golem, Goblin, Black Magician, White Mage, Chubby Chocobo e Behemoth—sono immediatamente disponibili, e personaggi segreti aggiuntivi come Cactuar, Bahamut, Cloud, Aya e Squall possono essere sbloccati dopo aver completato la Modalità Storia.[5] Storia Capitolo uno, intitolato "Gadgets a go-go", inizia con l'inventore Cid che presenta a Chocobo una coppia di "Jet-Blades" e offre a Chocobo la possibilità di fare una prova con esse sulla pista dietro al suo laboratorio.[13] Dopo la corsa, Mog the Moogle fa capolino e domanda a Cid a proposito dei progressi della macchina da corsa che avrebbe commissionato.[14] Cid promette di portare la macchina domani, ma in seguito confida a Chocobo di averla dimenticata.[15] Il giorno successivo, dopo aver presentato al dubbioso Mog la sua scooter,[16] Chocobo e Mog corrono. Dopo che Chocobo vince, Mog affronta Cid per le scarse prestazioni del suo veicolo, ma Cid risponde che Chocobo ha vinto a causa delle differenze tra le loro abilità (ossia la "Dash" di Chocobo).[17] Spiega che il segreto dell'abilità "Dash" di Chocobo è il Blue Crystal sull'anello della gamba.[18] Mog riflette sulla sua abilità inferiore "Flap" e decide di volere anche lui un Blue Crystal, così Cid consiglia ai due di intraprendere un'avventura per scoprire il segreto del Blue Crystal.[19] I due partono per scoprire il segreto dietro al Blue Crystal, incontrando (e gareggiando contro) molti lungo il percorso. Quando raggiungono Mysidia, il villaggio dei maghi, una White Mage lì nota che tutti i compagni hanno Magicite, che i compagni avevano precedentemente chiamato "Blue Crystals". I compagni vogliono conoscere la leggenda dietro i frammenti di Magicite; la White Mage acconsente a raccontarla a condizione che la sfidino in una corsa nei Floating Gardens, con la storia come premio per il vincitore. Una volta vinta, lei racconta loro la leggenda: «Ci sono Magicite Shards sparsi in tutto il mondo. Un tempo esisteva un grande Magicite Crystal... Ma la gente continuava a combattere tra loro per esso. Così il fondatore di Mysidia, il grande mago Ming-Wu, spezzò il Crystal in otto pezzi. Poi sparse i frammenti ai quattro venti. Fece così per assicurare in seguito la restaurazione della Magicite Crystal... quando tutti e otto i pezzi saranno riuniti di nuovo».