Gli eroi devono lottare contro le forze malvagie di X.A.N.A, che ha intensificato i suoi tentativi di prendere il controllo del mondo reale creando mondi Replika. L'unico modo per fermarlo è distruggere le Replikas. Ma gli eroi si rendono conto che distruggere le Replikas è inutile se non distruggono il supercomputer a esso collegato. Cambiando tattica, si rendono conto di poter utilizzare "Traduzione" per materializzarsi nei laboratori che contengono ogni supercomputer, nascosti in tutto il mondo, protetti dai boss. Ogni boss di fine livello è un guardiano che esiste nel mondo fisico ed è stato costruito o potenziato. Gli eroi devono affrontare tutti i boss e distruggere tutti i supercomputer prima di raggiungere il loro obiettivo finale di salvare William.