Sette anni prima degli eventi del primo Final Fantasy VII, la Shinra Company sta rapidamente aumentando la sua influenza grazie al suo monopolio sull'energia mako e alla sua potenza militare. Con la prosperante città di Midgar come base e simbolo di prosperità, Shinra è sull'orlo di stabilire un dominio assoluto sul mondo. SOLDIER è un gruppo di abili operatori bellici all'interno della Shinra. L'élite all'interno del gruppo — coloro che sono abbastanza forti da essere considerati SOLDIER 1st Class — è rispettata e idolatrata dai cittadini. Zack è un giovane SOLDIER 2nd Class che aspira a diventare 1st Class. Trascorre le sue giornate svolgendo incarichi sotto la guida del suo mentore di 1st Class, Angeal. Durante un'operazione a Wutai, un gran numero di membri SOLDIER, guidati dall'operativo di 1st Class Genesis, scompare. La gravità della situazione spinge i dirigenti della Shinra a schierare ancora più operativi SOLDIER nella speranza di porre fine alla guerra con Wutai—e di condurre un'indagine sul massiccio esodo. A essere assegnati alla missione sono Zack, Angeal e l'eroe di 1st Class noto in tutto il mondo come Sephiroth... Quali verità si celano dietro la scomparsa di Genesis? Quali segreti legano i tre operativi della SOLDIER 1st Class? Per Zack, attende una lotta crudele e fatale...