Il gioco si svolge negli ultimi mesi del periodo di due anni presentato dall'apertura di Jak II (e nelle conseguenze di The Precursor Legacy), tra il momento in cui Jak viene preso prigioniero dalla Krimzon Guard e quello in cui Daxter lo salva finalmente dalla Fortezza della Krimzon Guard. L'introduzione mostra Jak che viene catturato mentre Daxter riesce a scappare. Quasi due anni dopo (senza riuscire a salvare Jak), Daxter ha dimenticato tutto riguardo al ritrovamento del suo amico. Un vecchio di nome Osmo, che Daxter incontra, assume Daxter come sterminatore che lavora in diverse parti di Haven City e talvolta nei suoi dintorni per sterminare i Metal Heads, noti in-game come 'Metal Bugs'. Durante le sue avventure, Daxter incontra una donna misteriosa di nome Taryn, che, nonostante non sia molto impressionata dall'interesse di Daxter per lei, lo aiuta di tanto in tanto. Dopo aver completato diverse missioni per Osmo, Daxter vede Jak a bordo di un Prison Zoomer e tenta di inseguirlo. Dopo essere stato accerchiato da alcune Krimzon Guard (che avevano notato l'inseguimento di Daxter), Daxter viene salvato dal figlio di Osmo, Ximon, che lo aiuta in diverse missioni successive, tra cui una al palazzo di Baron Praxis, dove Daxter ruba una mappa della Fortezza. In questa prigione, Jak è tenuto prigioniero. Dopo essere tornato al negozio di disinfestazione, un compagno aracnideo che Daxter aveva acquisito in precedenza viene ucciso da Kaeden, un uomo amaro che apparentemente vuole rubare il negozio di Osmo ma, in realtà, lavora per Kor, il capo dei Metal Heads. Quando Daxter cerca di impedire a Kaeden di fuggire dal negozio, Kaeden esplode improvvisamente il negozio con una bomba che aveva piazzato in precedenza nel negozio. Daxter e Osmo sopravvivono, e Daxter promette di fermare Kaeden, ma solo dopo aver salvato Jak. Daxter si infiltra nella Fortezza e trova Kaeden, che si rivela essere un gigantesco Metal Bug. Daxter riesce a sconfiggere Kaeden, che cerca di avvertirlo che Kor li sta aspettando all'esterno. Poi usa una piattaforma volante per iniziare a cercare Jak all'interno della Fortezza, portando alla cutscene d'apertura di Jak II. Dopo questo, il gioco salta a un punto successivo della linea temporale al Naughty Ottsel Bar di Daxter, dove racconta la storia a Jak, Keira, Samos, Tess e Taryn.