La storia si svolge nel regno di Ivalice, ispirato al Medioevo. Il regno è situato in una penisola circondata dal mare a nord, ovest e sud, con un promontorio a sud della terraferma. È fortemente popolato da esseri umani, sebbene possano essere trovati mostri intelligenti che vivono in aree meno popolate. La magia predomina nel territorio, sebbene rovine e artefatti indichino che le popolazioni del passato si affidassero a macchinari, come dirigibili e robot. I vicini di Ivalice sono il regno di Ordalia a est e Romanda, una nazione militare a nord. Mentre le tre nazioni condividono lignaggi reali comuni, si sono verificate guerre importanti tra di esse. Un'influente istituzione religiosa nota come la Chiesa Glabados dirige la fede dominante, centrata attorno a una figura religiosa nota come Saint Ajora. Dopo che Ivalice terminò la sua guerra con le due nazioni in quello che è noto come la Fifty Years War, e di fronte a problemi economici e tensioni politiche, il re di Ivalice è recentemente deceduto e il suo erede è un neonato, quindi è necessario un reggente per governare al posto del principe. Il regno è diviso tra due candidati chiamati Prince Goltana, rappresentato dal Black Lion, e Prince Larg, simboleggiato dal White Lion. Il conflitto porta a ciò che nel gioco è noto come Lion War. Dietro questo sfondo c'è una rivelazione dello storico del gioco, Alazlam J. Durai, che cerca di rivelare la storia di un personaggio sconosciuto il cui ruolo nella Lion War è stato importante ma è stato insabbiato dalla Chiesa del regno. La storia è presentata come un resoconto storico da Alazlam J. Durai basato su documenti recentemente scoperti detti il "Durai Report", scritti dal suo avo Olan Durai. Ivalice si sta riprendendo dalla Fifty Year War contro Ordalia. Dopo la morte del suo sovrano, la Principessa Ovelia e il Principe Orinas sono entrambi candidati al trono. La prima è sostenuta dal Principe Goltana del Black Lion, e la seconda dalla Regina Ruvelia e suo fratello, il Principe Larg del White Lion. I due gruppi si scontrano nella Lion War. Nobili e contadini si guardano reciprocamente con sfavore e molti contadini si unirono alla Corpse Brigade per combattere contro i soldati nobili. Ramza, parte della nobile famiglia Beoulve di cavalieri, e Delita, suo amico d'infanzia che era un semplice contadino, assistono all'omicidio della sorella di Delita durante un'insurrezione. Questo fa sì che Delita e Ramza abbandonino i loro legami con la nobiltà. Ramza si unisce a un gruppo di mercenari, guidato da Gafgarion, che protegge la Principessa Ovelia dall'essere braccata da entrambe le parti della Lion War. Delita si une alle forze di Goltana. Si riuniscono quando Gafgarion tenta di portare Ovelia da Prince Larg. Agrias suggerisce di visitare il Cardinale Delacroix della Glabados Church per proteggere Ovelia. Lungo il cammino, Ramza incontra Mustadio, un macchinista in possesso di una reliquia sacra chiamata Zodiac Stone. Inseguito da una compagnia commerciale per il potere che contiene, Mustadio cerca anche l'intervento di Delacroix.