Ambientato nel 2090, la storia di Front Mission si svolge su Huffman Island, un'isola fittizia dell'Oceano Pacifico delle dimensioni approssimative di Oahu, creata dall'attività vulcanica a sud della costa ovest del Messico nel 1995. Nel 2002, la massa di terra fu classificata come isola e ceduta al controllo delle Nazioni Unite. Tuttavia, nel 2020, gli United States of the New Continent (USN), un'unificazione di paesi dell'America settentrionale e dell'America meridionale, presentarono una candidatura per il controllo dell'isola dopo essersi ritirati dalle Nazioni Unite. L'Oceania Cooperative Union (OCU), un'alleanza di nazioni orientali asiatiche e dell'Australia, creata nel 2025, contesta questa rivendicazione quando le due superpotenze colonizzarono l'isola nel 2065. Le tensioni si intensificano e alla fine portano al 1º Huffman Conflict nel 2070, con Huffman Island divisa in due metà al termine della guerra. Una pace precaria viene mantenuta fino alla Huffman Crisis nel 2086, quando una serie di schermaglie sull'isola provoca caos. Le tensioni si riaccesano e sfociano in guerra quando l'OCU viene ritenuta responsabile di aver incitato Larcus Incident il 3 giugno 2090. La trama di Front Mission ruota attorno al capitano dell'OCU Royd Clive. Una pattuglia di ricognizione dell'OCU guidata da Royd è assegnata per ispezionare un impianto di munizioni USN nel Distretto di Larcus, situato sull'estremità orientale di Huffman Island. All'arrivo sul luogo, la pattuglia viene sorpresa da wanzers USN guidati da un ufficiale di nome Driscoll.