Ambientato nel 2034, la storia di Front Mission Alternative si svolge in Africa. All'inizio del XXI secolo, nazioni di tutto il mondo formano entità regionali per combattere una recessione globale e altre crisi. Mentre molte regioni prosperano sotto le loro nuove unioni sovranazionali, le nazioni africane cadono sempre più in conflitti ambientali, razziali ed etnici. Nel tentativo di aiutarli, la European Community (EC) e l'Oceania Cooperative Union (OCU) assistono i paesi africani nella formazione di un'alleanza continentale chiamata Organization of African Consolidation (OAC). Sebbene inizialmente prosperi nei primi tre anni, le dispute scoppiano tra i cinque blocchi regionali dell'OAC — Union of Northern African States (UNAS), South African United States (SAUS), Community of Central African States (CA), East African Communities (EA) e West African States Community Union (WA). Le tensioni aumentano e, con il fallimento degli sforzi diplomatici, le nazioni vanno in guerra, provocando lo scoppio del Conflitto Africano. La trama di Front Mission Alternative ruota attorno all'Independent Mobile Assault Company (IMAC), un'unità speciale congiunta di soldati dell'OCU e del SAUS, guidata dal 2° tenente Earl McCoy, della Forza di Difesa Terrestre dell'OCU. Il governo SAUS impiega l'IMAC per fermare i conflitti civili nel proprio territorio e negli altri blocchi. A bordo di una nuova piattaforma d'arma bipede chiamata wanderwagen o WAW, l'IMAC riesce a sedare la violenza su tutto il continente. Mentre si muovono verso nord per sostenere il Western African Liberation Front, la compagnia inizia a imbattersi in WAW sconosciuti e ibridi tra WAW e veicoli noti come "mobile weapons" utilizzati da forze terroristiche. L'EC interviene mediante l'impiego di un'unità d'élite antiterrorismo, ma sembra favorire l'UNAS nel prolungare la guerra. Man mano che l'IMAC entra nel territorio UNAS, scopre legami tra le rivolte terroristiche, i conflitti civili, la vera causa della guerra e come l'EC si inserisce nella situazione.