Un vortice arriva a Wonderland. Poi, Wonderland impazzisce. Tweedle Dee e Dum sono spariti. Vivaldi ha una cotta per Peter, Blood ama Coffee, e Ace ha un senso dell'orientamento! Inoltre, sono apparsi due nuovi detentori di ruolo, Humpty e Dumpty. Questo gioco si basa sull'assunto che Alice si sia innamorata (o, nel caso di Vivaldi, abbia trovato una profonda e significativa amicizia) e abbia deciso di stabilirsi nel primo gioco di Heart no Kuni. Un periodo di tempo indeterminato passa dopo il primo gioco e un nuovo fenomeno si sta abbattendo sui residenti del Country of Hearts. Crazy Storm cambierà qualcosa in ciascuno dei residenti, comprese le persone che Alice ama. Anche prima dell'arrivo della tempesta, Alice scopre di non ricordare due dei residenti della Hatter Mansion, Humpty e Dumpty. Nel frattempo, Alice sogna due uova misteriose che esortano Alice a diventare il loro re e a farle schiudere.