Il gioco è ambientato dopo un periodo di tempo non specificato rispetto al primo capitolo della serie Jumping Flash! Dopo che Robbit ha ostacolato i piani di Baron Aloha di conquistare Crater Planet (eventi del primo gioco), Aloha fugge per salvarsi la vita e ritorna sul suo pianeta natale, Little Muu. Mentre pianifica la sua vendetta, però, arriva il momento in cui tocca ad Aloha affrontare la paura di avere il suo pianeta attaccato. Un invasore alieno ostile noto come Captain Kabuki (doppiato da Lorelei King) scende su Little Muu e inizia a smontarla pezzo per pezzo, contrastando con ciò che Aloha aveva una volta tentato di fare a Crater Planet nel primo gioco. Aloha fugge dall'assalto nel suo pod spaziale, e atterra su un asteroide lontano da Little Muu, dove chiede aiuto al suo nemico giurato, Universal City Hall. Ancora una volta, Robbit viene inviato per aiutare, e riesce a liberare le parti di Little Muu che Kabuki ha preso, e alla fine affronta Kabuki uno contro uno in combattimento mortale. Robbit sconfigge Kabuki, costringendo quest'ultimo a fuggire.