Kingdom Hearts Birth by Sleep inizia nel Land of Departure, dove tre detentori di Keyblade e stretti amici—Terra, Aqua e Ventus (più comunemente noto come Ven)—si allenano per diventare Maestri della Keyblade sotto Maestro Eraqus. Per ottenere questo grado, gli Apprendisti della Keyblade devono sostenere l’esame del Marchio di Maestria non appena raggiungono la maggiore età. Terra e Aqua sostengono questo esame insieme e nel primo giro il Maestro Xehanort sabota l’esame, costringendo Ventus a intervenire. Nel secondo turno Terra e Aqua si affrontano, ma mentre Aqua supera l’esame, Terra è ritenuto non idoneo a diventare Maestro della Keyblade a causa dell’abbondante oscurità nel suo cuore. Dopodiché, un gruppo di creature misteriose chiamate gli Unversed iniziano a comparire in altri mondi, e un altro Maestro della Keyblade, Xehanort, scompare senza lasciare tracce. Terra viene mandato a distruggere gli Unversed e a trovare il Maestro Xehanort, che in precedenza lo aveva esortato ad abbracciare l’oscurità nel proprio cuore se desidera la forza per diventare Maestro della Keyblade. Ven, nel frattempo, viene spinto a seguire Terra dall’apprendista misterioso di Xehanort, Vanitas, contro i desideri di Eraqus. Aqua viene inviata da Eraqus per sorvegliare Terra e impedire che cada nell’oscurità, nonché per riportare Ventus al Land of Departure.