Kingdom Hearts Birth by Sleep inizia nella Terra di Partenza, dove tre detentori di Keyblade e amici intimi—Terra, Aqua e Ventus (più comunemente noto come Ven)—si allenano per diventare Maestri della Keyblade sotto Eraqus. Per raggiungere questo rango, gli apprendisti della Keyblade devono sostenere l'esame del Marchio di Maestria una volta diventati maggiorenni. Terra e Aqua affrontano insieme questo esame, ma mentre Aqua lo supera, Terra è ritenuto inadatto a diventare un Maestro della Keyblade a causa dell'abbondante oscurità nel suo cuore. In seguito, un gruppo di creature misteriose chiamate gli Unversed iniziano a manifestarsi in altri mondi, e un altro Maestro della Keyblade, Xehanort, scompare senza lasciare tracce. Terra è inviato a distruggere gli Unversed e a trovare il Maestro Xehanort, che in precedenza lo aveva incoraggiato ad abbracciare l'oscurità nel suo cuore se desidera la forza per diventare un Maestro della Keyblade. Ventus, nel frattempo, è spinto a seguire Terra dall'apprendista misterioso di Xehanort, Vanitas, contro i desideri di Eraqus. Aqua è inviata da Eraqus per sorvegliare Terra e impedirgli di cadere nell'oscurità, nonché per riportare Ventus nella Terra di Partenza.