La Pucelle si svolge in un regno chiamato Paprica. La storia ruota attorno a una piccola chiesa chiamata la Church of the Holy Maiden, nella città di Pot a Feu. In aggiunta ai normali ruoli e doveri di una chiesa, hanno anche un gruppo di cacciatori di demoni addestrati chiamato La Pucelle. Due dei nuovi membri della La Pucelle sono Prier, una ragazza di sedici anni, e suo fratello dodicenne Culotte. Si dice che il Principe delle Tenebre, favorito servo dell'angelo caduto Calamity, sorgerà per flagellare la terra. Ma la leggenda dice che quando il Principe sorgerà, una guerriera nota come la Vergine della Luce lo sfiderà e ristabilirà l'equilibrio tra Luce e Oscurità. Prier spera di diventare la Vergine della Luce. La storia del gioco è suddivisa in capitoli. Ogni capitolo presenta diversi finali, a seconda delle informazioni che La Pucelle scopre prima di giungere alla fine del capitolo.