A differenza di Mega Man Powered Up, Maverick Hunter X è un reboot della serie X che introduce molti cambiamenti nella storia, tali da separarla completamente dalla linea temporale originale. Era intenzione di Keiji Inafune rifare completamente i primi sei giochi della serie Mega Man X, ma questo progetto è stato interrotto a causa delle scarse vendite di Maverick Hunter X. Questi sono alcuni esempi di come la continuità con il resto della serie sia stata ignorata: Il Dott. Cain scoprì X molti anni fa (a differenza di mesi) e sta estendendo artificialmente la sua vita tramite supporto meccanico per sorvegliare i Reploids. Teme anche di non avere molto tempo da vivere. Verso la fine di The Day of Sigma, un missile distrugge anche la sua casa ad Abel City - con lui all'interno (sebbene sia lasciato ambiguo se Cain sia effettivamente morto o meno). La storia di Vile, a parte il suo flashback al rilascio di Sigma dalla sua cella, è considerata semplicemente uno scenario 'what-if', poiché entra in conflitto con il gioco di X. Tuttavia, la frase di Sigma su di 'recuperare Vile' sembra preannunciare il suo rimodellamento in Mega Man X3. Le ragioni del Dott. Light per sigillare X sono completamente diverse da quelle stabilite in precedenza. Nella trama originale, il Dottor Light sigillò X in una capsula speciale che avrebbe sostanzialmente messo alla prova la sua integrità morale, perché sarebbe stato necessario determinare se X avrebbe preso le decisioni giuste quando sarebbe entrato nel mondo. Tuttavia, in Maverick Hunter X, il Dottor Light è già fiducioso nell'integrità morale di X, ma lo sigilla perché ritiene che l'umanità non sia ancora pronta per lui. La personalità di Sigma è descritta in modo piuttosto diverso rispetto agli altri giochi. Qui è ossessionato dall'evoluzione dei Reploids (cosa che in parte riflette il suo atteggiamento in Mega Man X8) ed è affascinato dal potenziale di X piuttosto che dal desiderio di superare davvero gli umani. Arriva addirittura a dichiarare direttamente a Vile di voler diventare Maverick per mettere alla prova le abilità di X e far emergere il suo vero potere, e ordina a Vile di aiutarlo a fomentare una ribellione per raggiungere questo scopo. Di conseguenza, sembra anche che egli sia diventato Maverick di sua libera volontà, anche se la sua affermazione al momento del rilascio di Vile secondo cui 'aveva bisogno di qualcuno che potesse diventare Maverick di propria volontà' nell'apertura di Vile Mode implica che ciò potrebbe non essere necessariamente il caso. Analogamente, le sue interazioni con X prima della battaglia finale sono leggermente diverse dall'originale, dove si aspettava che Zero arrivasse ed era leggermente irritato dal fatto che avrebbe dovuto affrontare X, prima di rendersi conto, dopo la sconfitta di Velguarder, che Zero potrebbe aver scelto X per combattere Sigma per una ragione, mentre nel remake gli è stato mostrato di attendere davvero l'arrivo di X e di sperare che in effetti avesse i requisiti per affrontarlo.