Game: Metal Gear Acid Nel 2016, un aereo jumbo che trasporta il senatore Hach, un politico importante e probabile candidato presidenziale, viene dirottato dai terroristi. In cambio del senatore, i terroristi chiedono al governo degli Stati Uniti Pythagoras, un progetto di ricerca condotto nella Repubblica Moloni nel sud dell'Africa. Nel tentativo di identificare questi terroristi, il governo inizia un'indagine su Pythagoras. Il governo di Moloni si rifiuta di cooperare e di lavorare con gli Stati Uniti, dichiarando di non voler interferire nei suoi affari interni. In risposta, gli Stati Uniti inviano una squadra segreta delle forze speciali per indagare, ma la squadra viene annientata dalla resistenza armata. Con nessuna altra opzione e il tempo che stringe, il governo degli Stati Uniti chiama Solid Snake per infiltrarsi nel laboratorio, scoprire la natura di Pythagoras e salvare il senatore Hach.