Il gioco segue la stessa trama di Prince of Persia: The Two Thrones. Tuttavia, otteniamo ulteriori approfondimenti sulla storia durante i livelli bonus. A differenza della versione principale, il principe è in grado di utilizzare le porte di sabbia per il teletrasporto attraverso la città. Ogni porta di sabbia conduce a un livello bonus, portando a un totale di nove livello bonus. Tre di quei nove livelli conducono nello stesso posto esatto, simile alle sezioni Life Upgrade viste in Prince of Persia: Sands of Time; ogni volta che vengono visitate, al principe viene conferita una nuova potenza della sabbia. Tra i livelli bonus rimanenti, tre sono direttamente collegati alla storia. Si scopre che il visir ha svelato i segreti dei templi perduti di Zurvan. In ciascun livello c'è una statua di Zurvan che viene distrutta pezzo per pezzo man mano che il principe completa ogni livello bonus. I danni causati nei livelli bonus precedenti si riflettono sulla statua presente nel livello corrente e questa viene distrutta quando il principe completa l'ultimo livello bonus. I danni della statua simboleggiano la caduta di Zurvan/visir e mostrano esattamente come sarà lo scontro finale contro il boss.