Con l'avvento di Puyo Puyo Circus, Arle e Carbuncle sono venuti a visitare e partecipare ai festeggiamenti. Arle si dirige verso una delle tende per guardare uno spettacolo, guidato da Satan come maestro di cerimonia. Come parte di uno degli atti, Satan richiede un volontario per scendere sul palcoscenico. Con Carbuncle come volontario in questione, egli esegue un trucco di sparizione, facendolo sparire davanti al pubblico. Dopo che Arle esce dalla tenda al termine dello spettacolo, si rende conto che Carbuncle non è da nessuna parte. Così Arle inizia a esplorare i dintorni del circo in cerca della sua amica. Puyo Puyo~n presenta un Corso Principiante e un Corso Normale. Il Corso Principiante comprende i primi tre livelli e non riproduce i filmati. Arle non può usare il suo attacco Super personale nella modalità storia, ma può chiedere l'aiuto dei poteri di Draco Centauros, Serilly, Witch e Chico man mano che il giocatore avanza. A differenza delle precedenti modalità storia di Puyo Puyo, le regole di gioco cambiano drasticamente tra i livelli. A causa della lunghezza della Modalità Storia rispetto ad altri giochi Puyo Puyo, il gioco salva dopo ogni livello. Questo permette al giocatore di uscire e poi ricominciare dal proprio livello corrente senza perdere i progressi.