Durante una vacanza su Pokitaru, Ratchet e Clank incontrano una ragazzina di nome Luna che sta scrivendo una relazione scolastica sugli eroi. Poco dopo incontrano Luna, che viene rapita da misteriosi robot. Clank quindi scopre un misterioso artefatto proveniente da una razza antica, i Technomites. Sebbene Ratchet sia inizialmente scettico sulla loro esistenza, Clank crede che esistano. Ratchet e Clank partono per salvare Luna e, nel processo, incontrano Captain Qwark, che sta cercando i suoi genitori biologici. Ratchet gli permette di utilizzare il computer della sua nave per aiutarlo nella sua ricerca, affinché smetta di seguirli. Su Kalidon, Ratchet viene rapito da Luna, che ha finto il proprio rapimento, e Clank viene lasciato in un deposito di rottami su Metalis. Tuttavia, Clank si trasforma nella sua Ultra-Mech e parte per distruggere le truppe nemiche e salvare Ratchet. Nel frattempo, il DNA di Ratchet viene prelevato per produrre un esercito di cloni. L'Imperatore Otto Destruct, leader dei Technomites, ha riconosciuto il potenziale di Ratchet e spera di usare il suo DNA per creare il soldato supremo. Scoprendo che Luna è in realtà una marionetta robotica e una nave, i due la rintracciano fino a Dayni Moon, dove Luna rivela il piano dei cloni a Ratchet e Clank e spiega che i Technomites sono amareggiati per non aver mai ricevuto credito dalla popolazione generale per i loro progressi tecnologici. Dopo aver distrutto la marionetta di Luna, Clank cerca di ottenere le coordinate della fabbrica dei cloni dalla marionetta, ma viene infettato da un virus informatico e si guasta, permettendo ai soldati Technomite all'interno della marionetta di entrare in Clank. Ratchet usa il suo raggio riducente per entrare in Clank, incontrando il suo sistema di sicurezza interno, e collaborano per eliminare gli intrusi e riavviare il processore di Clank. Clank rivela di aver ottenuto le coordinate della fabbrica prima di essere disattivato, e si dirigono verso un pianeta noto come Quodrona. Dopo che Ratchet ha eliminato dozzine di cloni, Otto rivela che ciò che Luna aveva detto era una "storia da quattro soldi", e il suo vero piano è rubare l'intelligenza di ogni essere della galassia, usando una macchina speciale che trasferisce l'intelligenza da un essere all'altro. Qwark, convinto da Otto, pensa che Otto sia suo padre e combatte temporaneamente al suo fianco. Ratchet e Clank alla fine sconfiggono Otto. In seguito, apprendono da Skrunch che i veri genitori di Qwark erano stati uccisi da un'attrezzatura Technomites difettosa. Qwark cerca di usare la macchina di Otto per dare a Otto la sua intelligenza, ma Skrunch interferisce e fa sì che sia Otto a ottenere la sua intelligenza. Tornati nell'appartamento di Ratchet e Clank, i cloni rimpiccioliti di Ratchet sono venduti come giocattoli, e i due tengono compagnia al piccolo Qwark mentre guardano uno spot pubblicitario della nuova linea di giocattoli.