Seguendo esperimenti genetici condotti da un gruppo di scienziati all'inizio del millennio, un'esplosione biologica contaminò la struttura genetica della vita sulla Terra. Due attributi emersero dalle rovine, noti come Silhouette e Mirage; come Yin e Yang, non possono esistere senza l'altro, ma sono fondamentalmente opposti nella loro natura e ideologia. Solo un Messenger, colui che contiene entrambi gli attributi in equilibrio, è in grado di raggiungere l’impianto Edo e invertire il disastro genetico, distruggendo sia Silhouette sia Mirage. Questo Messenger è una giovane ragazza di nome Shyna Nera Shyna. Silhouette Mirage si svolge dopo un evento catastrofico che provoca una massiccia esplosione e la divisione del mondo in due esseri: Silhouette e Mirage. Qualora si verificasse un tale evento, gli esseri umani crearono il "Edo System" per ripristinare la pace nel mondo, se il messaggio fosse stato ricevuto. Quel Messenger è Shyna Nera Shyna, noto come il "Messenger of Destruction". Sfortunatamente, la memoria di Shyna è stata per lo più cancellata e non ricorda dove si trovi Edo e deve trovarlo. Tuttavia, una volta iniziato il suo viaggio scopre che Silhouette e Mirage sono in guerra tra loro, e cosa ancora peggiore è che entrambi concordano sull'unico obiettivo di eliminare Shyna.