Dopo che Kyon attivò il protocollo di fuga d'emergenza, la versione The Disappearance di Nagato aspettò la risposta di Kyon. Un grande errore nel piano temporale spinse Asahina a convocare Kyon per ripararlo. Kyon finì nel mondo alternativo di The Disappearance. Nessun membro della SOS Brigade, nemmeno Nagato, sapeva chi fosse. Fece amicizia con Haruhi facendola esibirsi in una band, aiutò Koizumi e Asahina a vincere concorsi di bellezza e contribuì alle vendite del libro di Nagato. Successivamente, Kyon fu in grado di tornare nel mondo normale, ma decise di tornare per un po'. Aiutò l'altre SOS Brigade a realizzare un film. Poi Kyon restituì al Literature Club di Nagato il modulo con il suo nome. La SOS Brigade (senza di lui) esisterebbe nell'altro mondo, impedendo a Nagato di sentirsi sola. Di ritorno nel suo mondo originale, alla festa del nabe, Kyon chiese a Nagato di andare in biblioteca durante il fine settimana. Lei disse che ci avrebbe pensato. Tuttavia, la visita divenne un evento della Brigade. Là Kyon raccontò a Nagato del suo sé alternativo, riferendosi all'altro come a un'altra ragazza. Nagato disse di essere sicura che l'altra persona fosse felice, perché «lei vive proprio lì, nella tua memoria».