Il gioco segue Rinka, che, nel tragitto verso il suo primo giorno di scuola superiore, viene investita e uccisa all'incrocio da un'auto in transito mentre si ferma per prendere la scarpa che le cade dal piede. Dopo la morte, è accolta da Mr. Rabbit (un insegnante con una maschera da coniglio) nell'aldilà davanti alla NEVAEH Academy, un'ambientazione da purgatorio per studenti defunti con regole rigide, tra cui coperture per la testa mascherate per tutto il personale e gli studenti. Un insegnante della scuola, Mr. Rabbit, la conduce alla cerimonia di apertura dell'accademia, che viene attaccata dai 'Bad Apples', un gruppo di studenti che si oppone alla natura rigida e autoritaria su cui si basa la scuola. Ai giocatori è data la possibilità di schierarsi con i 'Bad Apples' o con i 'Good Apples' (coloro che rispettano le regole dell'amministrazione scolastica, inclusi i prefetti tra gli studenti che le fanno rispettare), con ogni percorso che presenta ramificazioni uniche e molteplici finali che dipendono dalle scelte compiute dal giocatore durante il gioco.