Ambientata quasi due decenni dopo la fine della Guerra dei Sette Anni, narrata nel True Ending di Spectral Souls II (rotta Rozess Army modificata), la storia segue le peripezie piuttosto casuali di un Contractor freelance di nome Zelos e del suo equipaggio, che, per varie circostanze, si ritrovano al centro di un conflitto che coinvolge Elemental Cores, che entrambi gli esseri chiamano Human Genomes, e un gruppo noto come Original Saints che stanno anche cercando tali Elemental Cores, poiché tali Elemental Cores sono sia la chiave per guarire il mondo devastato dalla guerra di Neverland sia l’innesco per innalzare al trono i futuri successori dell’attuale umanità, Human Genome come nuova razza dominante. Nel corso del cammino, varie sottotrame che coinvolgono il cast danno corpo a questa 'guerra dietro le quinte'.