Un anno dopo gli eventi di Clock Tower: The First Fear, alla fine del 1996, Jennifer Simpson è stata adottata da Helen Maxwell, l'assistente di uno psichiatra rinomato, Samuel Barton, ed è attualmente in cura presso un edificio di ricerca universitario a Oslo, in Norvegia, per aiutarla a far fronte alle sue esperienze traumatiche legate al caso Clock Tower e forse fare luce sul mistero che era lo Scissorman. Mentre Barton ipnotizza Jennifer, Helen porta Jennifer a casa prima del previsto, dicendo che non è pronta a ricordare ancora gli omicidi. Barton esce poi dalla stanza e parla con Harris Chapman, un assistente all'università. Se Barton gli parla due volte, Harris rivelerà i suoi sentimenti per Jennifer e il giocatore diventerà Jennifer invece che Helen. Barton scende al piano di sotto ed è intervistato da Nolan Campbell, un giornalista, e poi consegna la statua Demon Idol a Rick, ex maggiordomo della famiglia Barrows, oppure a Sullivan, il curatore della biblioteca locale. Ricordare dove è finita la statua è fondamentale per determinare l'esito.