La trama del gioco ruota attorno a due potenziali protagonisti: Takuto e Shiki, studenti giapponesi del terzo anno delle superiori. Takuto, un tempo appassionato fan di Digimon, da ragazzo arrivò persino a essere secondo in un torneo nazionale, ma da allora è diventato più preoccupato per la vita da adolescente e per il proprio futuro. Lui e Shiki vengono trasportati nel Mondo Digitale, dove incontrano i loro partner Digimon, tra cui Agumon, Gabumon, Biyomon e Palmon. Si uniscono al loro viaggio i compagni di classe Kouta Hirose, il cui partner è Guilmon, che lui ha soprannominato "Yukimura", e Himari Oofuchi, partner di un Salamon che lei ha soprannominato "Rikka".