Il giocatore (che di default si chiama Toy) si reca a Leaf Valley per recuperare le cose di suo nonno dopo aver saputo che è morto. Scopre che tra due anni il villaggio sarà trasformato in un parco divertimenti da una società chiamata Funland e incontra tre Harvest Sprites chiamati Nic, Nak e Flak e la Harvest Goddess, che gli chiedono di restare in fattoria e aiutarli. Il giocatore decide quindi di prendere in mano la fattoria di suo nonno e di lavorare duramente per ribaltare la situazione del villaggio. Incontra anche Alice, l'amministratrice delegata di Funland, e i suoi scagnozzi, Charles e Renton, che rivelano di possedere l'atto di proprietà del paese. Egli quindi fa del suo obiettivo fermare i piani di Funland e aumentare la popolarità del paese per evitare la sua distruzione, tutto mentre deve confrontarsi con le creazioni robotiche di Alice. Scegliendo percorsi diversi, si possono trovare fino a 16 modi per salvare il villaggio. Se il giocatore avrà successo nel salvare il villaggio prima della fine del secondo anno, Alice restituirà l'atto di proprietà e potrà o lasciare il villaggio o restare, a seconda delle azioni del giocatore. Il giocatore dovrà quindi affrontare una seconda sfida: guadagnare la somma necessaria di denaro entro la fine del terzo anno per convincere suo padre (che non pensa di poter gestire la fattoria da solo) a permettergli di rimanere nel villaggio.