Nel gioco interpreti uno studente in una scuola superiore. Credo che tu sia lo stesso ragazzo della prima parte, poiché continui a ricordare la Marionette del gioco originale. Un giorno ti imbatti in una coppia di marionette abbandonate: una marionetta chiamata Marine e l'altra Maria. Prendi Marine sotto la tua cura, mentre una rivale e compagna di classe, alquanto antipatica, di nome Arese, prende Maria sotto la sua cura. Arese è convinta che le marionette siano nient’altro che robot con un cuore fatto di circuiti informatici, ma la tua esperienza con la prima parte, dove apparentemente sei riuscito a portare la Marionette originale a una forma quasi umana, ti ha convinto del contrario, e intendi dimostrare che Arese ha torto.